Tutta la struttura operativa di Econord fa riferimento alla sede centrale ubicata in via Giordani n. 35 a Varese. Qui, oltre alla presidenza, si trovano: l'ufficio gare e appalti, l'ufficio amministrativo e contabilità generale, l'ufficio legale, l'ufficio acquisti, l'ufficio tecnico e progettazione, nonché il sistema informatico centralizzato destinato all'elaborazione e controllo dei corretti adempimenti previsti (es. registri di carico e scarico ecc.).

La struttura operativa si articola su tredici Centri di Servizio così ubicati:
Cadegliano Viconago (VA),                  Ferrera di Varese (VA),
Saronno (VA),
Sesto Calende (VA)                             Varese,
Cernobbio (CO)
Figino Serenza (CO),
Turate (CO),
Carate Brianza (MI),
Origgio (MI),
Meda (MI),
Paderno Dugnano (MI),
Lecco (LC). 

Ogni Centro di Servizio è dotato di area uffici, area personale operativo (spogliatoi, servizi ecc.), officina, impianti di autolavaggio, capannoni per il ricovero mezzi e magazzino. I singoli Centri sono coordinati dai rispettivi Responsabili, tecnici esperti che sovrintendono all'attività logistica ed operativa del personale (autisti, operatori ecologici, meccanici ecc.) Complessivamente la società, che opera principalmente nelle province di Varese, Como, Milano e Lecco  serve circa 250 Comuni, per una popolazione residente attorno alle 1.200.000 unità, che nel periodo estivo supera le 1.500.000 unità. Dispone di un parco veicolare costituito da oltre 1000 automezzi e ha in forza circa 900 dipendenti.